Tag Archives: 自说自话

今天晚上是平安夜。 这个周总结不太好写。原因是我每天都没有能写晨间日记，而基本上所有的日记都是刚刚补上的。这样的话也就少了很多细节。 女友来纽约的第二周，我的生活已然节奏稳定了许多。上一周我的周总结根本就没写，因为女友最重要，写字这样的事情可以放在后面。 上周末做了包子，送给同事几个。 这一周我没有锻炼身体。因为没有早起，而下班后有不想太晚回家。 我看了一本小说陀思妥耶夫斯基的《温顺的女性》，在读书中文网下载的版面还原PDF，观者制作。。看小说比看其他类型的书籍快好多呀。书中是两个小说，一篇就是书名，另外一篇《小英雄》。这种第一人称视角的小说读来像内心独白，或者是透过别人的眼睛来观察世界。同时又有自己的观察和判断。比较喜欢这种阅读感觉。 这一周的工作主要还是BASC和pipeline学习。周四的时候去了NKI学习retro recon。周五的时候老板说下个星期要push许多数据，完成recon。 认识了一个新人，来和Mike做master Thesis的学生。会共同工作一段时间。 给青青过了生日，买了首饰做礼物，还有花和好吃的蛋糕。去了粥之家吃饭，感觉很好。 说道吃饭，还去过一家在4 ave 和 10 St上的一风堂吃饭。比较贵，但是味道很好的日式汤面。 周五晚上驱车到New Jersey，到朋友家过圣诞。一起吃了火锅。 Brett 催我的paper了。我要尽快完成。 具体的回忆我基本上都写在了补充的日记里，就不在这里回顾了。 好长时间没有跟家里打电话了。早上跟妹妹聊了一下。 新年快到了，应该考虑做一个年度总结了。也可以大概计划一下，做一下展望。下周回顾一下自己所有的日记吧。 ＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝ 周一：Compcor code 周二：早上9点到达IPN。 首先是Camille 报告她的工作，resting state fMRI与智商的关系。说实话，我没有特别听进去。Postdoc meeting。Mike参与了回忆，跟大家做了一下年度的总结和展望。一个是要get postdocs involved in grant writing，一个就是强调大家method重要，但不是全部，为了职业做考虑，还要把自己的研究纳入到一个主题中去。 BASC。Manu帮助我和Hongying进行数据处理，写了T－test 的code。我处理了NYU tRT数据，用不同的correction … Continue reading →

身体： 本周锻炼3次，周二没去是因为前一天练得很累，早上起晚了。周三没去是因为地铁晚点，生生的把时间给耽误过去了。 周四开始采用一套新的锻炼流程，周四和周五上下身各练了一次，到现在肌肉还有酸痛感，证明效果不错。 周五下午开始鼻子不通气，要感冒。因此肌肉酸痛也许是感冒症状？ 读书： 读完了出轨的往常。女友给我发的电子版，不知道是不是全本。作者的写法不是严谨的做学问式的写史，而是有戏说的成分。读着就是图一个乐。我看作者的目的也就是这个。 重新复习了若干时间管理／精力管理／读书方法／自我提升的网文。 社交： 开始在renren和QQ上花点儿时间。我平时用的社交工具都是国外的，国内的朋友都无法登录。以前很排斥国内的网站和聊天工具。现在仍是。但是不能因为排斥工具，连国内的朋友都断了联系呀。重要的是人。 比如知道了宝成在民航学院教书，而且仍然单身。知道了miaomiao在参与最新的那本FMRI 数据分析手册的翻译。 同实验室的同事祖父去世，却不能回国奔丧。悲伤之际给我打来电话诉说。我很欣慰有朋友在遇到事情时想到我。亲人离世令人悲恸。但愿早日走节哀。好消息是他的夫人也怀孕了。先人升天，后人入世。一悲一喜，何等人生！ 同Clare聊天，她参加NYC runners club的一个训练课程。每周几天下班后去跑步训练。十次训练$100. 工作： BASC 是代码搞好了。红英也把数据准备的差不多了，我们下星期可以开始处理了。准备做海马。 Kate的数据 先是用AFNI处理对准做的很差，试验了用REST，结果很好，但是得先把数据传输到IPN。这个工作我还没有做，因为在两个只能靠VPN链接的服务器之间传数据，是非常让人头疼的。 于是又试用了Fcon 的代码。这个运行到一般的时候，服务器硬盘满了。我不知道代码的完成度有多少。80几个被试，并行计算的，也很难知道谁完成了谁没有。我看比较容易的方法是把所有的结果都删除，然后再重新来一次。 Rockland short TR TRT数据 拿到手了第一批数据，都是T1像和用来做基准的REST fMRI （CAP）。Short TR的数据还没有到手。先完成了自动从Dicom到NIFTI的代码，并且运行成功。下一步是修改预处理的代码，可能涉及到重新调整目录结构。把目前的Session／runs的层级目录调成Session?run?/ 形式的单层目录，以求对Fcon 代码的最少改动。  我还得对我自己修改过的Fcon 代码进行注释工作和版本控制。不然的话，版本一多就乱了。现在的版本，在Gelert的short_TR 和Debellis目录下各一个，在IPN的Ipsetica_nyu_trt目录下还有一个。这是目前能想的起来的。 BrainNetViewer，  同事Chao－gan 编译了Linux和Mac版本。回头也许编译一个windows版本吧。 我在虚拟机里面装了一个matlab，也可以干这个事情。 FSL … Continue reading →

本周锻炼4次，一会儿还要去，凑成5次。 本周认识了Zarrar，他以前同我老板工作过，现在仍然有和坐。目前在Yale。 本周工作出了一小点儿插曲，不过顺利解决。需要感谢的人：Brett Lullo，Chao－Gan和老板。 本周Maarten回国了。 本周帮助Vilma做表，帮助Amy Roy和Jennifer group做surface map。 本周阅读：脱轨的王朝 mm还有一个星期就来找我啦！ 本周进入了12月。11月一共消费了524刀。比以前要多写，主要是因为感恩节放假的是后出去玩了一下。 ＝＝＝＝＝周记 11月27 ～ 12月2日 ＝＝＝＝＝＝ 周日，27日，本来是应该改文章的，可是硬是没有工作的心情。下午接近傍晚的时候刀了36街附近的一个名叫Green Fig的咖啡馆坐了一下，要了一杯茶，跟一个目前有些抑郁的朋友通过G-chat 聊天聊到咖啡店关门，希望她能尽快振作起来。 晚上的时候修改了一下数据处理的流程程序。 周一，28日。主要用来为一篇paper的表格来添加数据。比较枯燥。终于在下班前给搞定，发出去了。 今天认识了Zarrar。他来参加Maarten的告别晚餐聚会。他跟我们介绍了他的工作，我们也互相介绍了我们的。他是CWAS的作者。 周二，29日。 Brian的brownbag，讲Medium Angel correction。原理我没太听明白，结果比较有意思。PC1同Global Signal 高度相关，但不是百分百这样：有一个被试的PC2跟Global signal强相关。Medium Angel correction是用来替代global signal correction的。 跟Melanie meeting。问了我许多关于实验设计的问题。后来我跟我的老板Mike谈，他认为以后这些问题直接转给他就行了。我也乐于这么做。 因为Mike从周三起出差，我去跟他聊了一下我的工作重点。（Compcor，connectome mapper和fcon pipeline），可实际我这周没有碰这些东西。靠。 跟Manu … Continue reading →

簡單總結： 本週鍛煉兩次。 結識了新朋友 邸新（Biswal的post-doc），滕相斌，胡曉蒙，還有她的世界趙敏和趙敏的丈夫，超贛的師弟鵬飛，胡曉蒙的師妹王璐。 本週花費：$223 (下週的買菜的錢也併入這週了，因為週五放假的時候買菜)。本月累計$492. 本週閱讀：词学概说 接近完成。 ========週記=========== 週五去見了兩個朋友，一個是一直在網上認識的學術男，另外一個是校友。不過我跟校友是通過學術男同學認識的。三個人吃了飯，聊了一下各種學術八卦，然後又去時代廣場逛了一下。時代廣場那個人多呀。各種霓虹燈閃的我是應接不暇。這樣的地方不適合我目前好安靜的狀態。看得出來這兩位新見面的朋友也同我差不多的狀態。從廣場一頭逛到另外一頭，就上地鐵，各自回家了。 回家路上去了Rite Aid和Trader Joe‘s。我每次在Trader Joe’s都要花$50刀以上，這次也不例外。買的都是肉蛋奶菜。然後在Rite Aid把優惠卷花掉了，買了cereal和洗衣液。這些東西比較重，我就沒有走去地鐵站，而是直接搭地公交回家。搭公交就比較少走路，但是花的時間比地鐵要長一倍出來。 ==== 週四是休閒的一天，美國感恩節，我工作的地方放價，從週四放到週日。同事邀我去吃飯唱歌，我當然樂於前往。於是我和實驗室的訪問學者一起（我們兩個住的很近），搭地鐵去法拉盛，同同事還有他的朋友見面。一共9個人，先去吃了早茶，然後去唱了四個小時的歌，因為同事的妻子是西安人，想念涼皮和肉夾饃，我們又摸到了法拉盛黃金商場下面的小吃城中的“西安名吃”買了。最後以火鍋收場。 大家多數是心理學北京的。同事和我是搞腦成像的。同事的妻子和她帶來的師姐師妹是學社會心理學的。同事還帶了一個師弟，也是做腦科學的。訪問學者是醫生。不過我們不料學習與工作，出來玩，就是吃喝玩樂。 唱歌的地方叫做SKYBLUE。唱歌送同等消費金額的食品酒水。因為是節日，我們“享受”的是節日價，也就是平時價格的兩倍。苦逼上班族就是這樣啊。 一天從早上9點半出門，晚上8點半到家，期間什麼也不想，只是玩。很爽快。 訪問學者說他撿到了一把傘，回頭送給我。很好。 ==== 因為感恩節假期，本週只工作了三天。週一的主要工作是為一篇paper的結果部分做表格。週一完成，但是整個項目花的時間比預期的長。而且週三的時候老闆要求加數據和另外寫一個paragraph，加到paper裡。 然後就是LowTR數據。我週末的時候拿到全部數據，預處理了一下。週二週三都在做統計分析和簡報。要做的東西太多，自己又沒有一套成熟且熟悉的流程，因此上，花的時間都比較多。在週三的時候一度覺得自己做不完了。事實上，到最後也沒有做完我全部想要的分析。老闆根據我已經做出的分析做出了決定。我也得長出一口氣。 但是一定要清楚，這還沒有完，因為新的數據會在週一開始採集，我需要一套數據處理流程，來保證數據能迅速被處理，檢查，生成結果。藉著這個契機，建立自己的一套流程，是非常非常必要的。

工作： Vilma’s paper 重新整理了表格，目前只需要把脑区的BA编号填入表格就好了。这个具体还不知道怎么做。预计需要3到5个小时完成这项工作。 Movement analysis： 找到了Saroja做数据分析的信息。她的数据/结果/中间文件分了三个不同的地方存放，而且还没有一个记录。我只能 和时间，来找各种文件。我最终要是找到了。在Brett的帮助下，完成了各种参数的估计，并作了T检验。结果已经发给了Mike和Vilma Connectome Mapper： 在Chao-gan超赣的帮助下，重新设定参数后，Conectome mapper给出的结果比较令人满意了。我用TrackVis截图，把做出来的几个fiber 检查图发给了Chao-Gan和Mike。Chao-gan认为结果看上去很好，下一步需要解决的是：connectome mapper的结果输出都有哪些，又都有什么意义，为什么有些地方的fiber没有出来。 Sharad 的pipeline 已经在我的电脑上部署好了。我需要开始使用它来进行数据分析。这个pipeline还没有完全完成，Sharad需要组织一下数据输出格式。 Low-TR数据 上周没有新数据，这周有了。需要完善数据处理流程。因为Cluster上没有Matlab，很多数据处理还不能在上面做。这点儿需要注意。下周三之前要做出一个总体分析。 PEF paper 跟Cindy 讨论了一下如何报告结果。作了两张surface map发给她。大家都听感兴趣。 看样子Mike说的没错，Surface map比较抓人眼球。哈哈。 身体健康 本周去了三次健身房。周二没去是因为起晚了。周四没去是因为整理自己的医疗健康档案。今天也要去一次。一周四次是比较合理的。 周四去见了医生。体检，开药，开化验单。周五早上，空腹取血取尿化验。 体重121.5 lbs 金钱： 本周花费$89.34,都是食品。这差不多是单周消费最高纪录了。不过买的东西还没有吃完。下周的花费应当会低。 SSSS还了我$11.  CCCC欠我的钱，还没有还。我要提醒他一下。 阅读： 读了半本的，作者吴丈蜀。读这本书是因为女友喜欢填词。而我对词一窍不通。这本书关于词的各种知识还是不错。至少我知道了一个词牌，会有很多名字。比如我周末填的那首《木兰花令》其实是《玉楼春》，《玉兰花令》是另外一个专门的词牌。只是宋人之后，把《木兰花令》也当作《玉楼春》的别名。所以木兰花令即是一个词牌的正名，又是一个词牌的别名。类似的例子数不胜数。词牌正名的工作，不是到是不是有人在做。我倒是不关心了。 写作： 说到上周做的词，我本是瞎填，然后青青帮我校验了一番，不合律和出韵的地方都很多。我们各自改了一下，收录如下： 谁能猜出哪个是我改的？呵呵 … Continue reading →